يضم المعهد الوطني للتخصصات الصحية لجان علمية تخصصية تم تشكيلها من قبل مجلس الإدارة، وللجان العلمية التخصصية دور مهم في:

• الاشراف على برامج التدريب التخصصي (برامج الإقامة) والدراسات العليا، وضمان توافقها مع المعايير العالمية.
• وضع معايير تقييم المستشفيات والمراكز التعليمية والبرامج التخصصية، وإبداء المشورة الفنية حول مدى مطابقة المستشفيات والمراكز والبرامج التخصصية لهذه المعايير.
• وضع الامتحانات المهنية المتخصصة وفقا للمعايير العالمية.
• تقديم المشورة لاعتماد برامج التعليم المستمر والتطوير المهني.
• التوصية بإصدار الشهادات المهنية للمجلس.